1.依「有機農業促進法暨相關子法」實施各項作業。
2.初次查驗(或追蹤查驗)通過後，申請者必須在驗證合約書屆滿前三個月填寫驗證申請書，辦理年度更新及續約。未填寫申請書並辦理續約者，視同自動放棄本協會驗證，本協會將終止申請者驗證資格，並通知繳回驗證證書、驗證合約書、剩餘標章與公告註銷申請者標章使用權。
3.驗證通過後辦理續證之展延查驗，申請者必須在本協會核發驗證證書有效期間屆滿前三個月填寫驗證申請書或展延申請書，辦理展延查驗。未填寫或辦理展延者，視同自動放棄驗證，有效期間屆滿後，自動結束驗證資格。
4.依驗證申請書所附表格詳實填寫各項紀錄與文件，並保留相關資材採購單據。
5.依本協會「有機農產品有機轉型期農產品驗證標章管理程序」之要求 使用有機農產品驗證標章。
6.配合本協會之稽核或產品抽驗作業，必要時需將標章、證書繳回，產品回收與清點，農產品經營者不得以任何理由規避、妨礙或拒絕。
7.按時繳交驗證相關費用。稽核相關費用需於稽核案啟動前繳清，稽核員才會前往執行驗證作業。
8.於「有機農產品有機轉型期農產品驗證合約書」期間屆滿或經本協會終止合約後，應立即停止使用有機農產品驗證標章，將產品下架，並不得以有機農產品名義販售。
9.辦理評估之一切必要安排，包括備妥檢查文件及各項紀錄(包括生產記錄簿、資材採購記錄與內部稽核報告)，詳實記載各項紀錄與在農委會公告期限內保存各項資料與單據，並應配合接受本公司依規定執行之定期與不定期查核作業(如抽樣、檢驗、稽核、定期或不定期追查等)。農產品經營者維持有機運作系統相關之紀錄及文件: (1)生鮮農產品一年。(2)產品標示有效日期者，自有效期間屆滿後一年。(3)其他產品五年。進口業者進口、販售有機農產品之相關紀錄、文件及有機驗證證明文件，應至少保存五年。