1.依「有機農業促進法暨相關子法」實施各項作業。
2.初次查驗(或追蹤查驗)通過後，申請者必須在驗證合約書屆滿前三個月填寫驗證申請書，辦理年度更新及續約。未填寫申請書並辦理續約者，視同自動放棄本協會驗證，本協會將終止申請者驗證資格，並通知繳回驗證證書、驗證合約書、剩餘標章與公告註銷申請者標章使用權。
3.驗證通過後辦理續證之展延查驗，申請者必須在本協會核發驗證證書有效期間屆滿前三個月填寫驗證申請書或展延申請書，辦理展延查驗。未填寫或辦理展延者，視同自動放棄驗證，有效期間屆滿後，自動結束驗證資格。
4.依驗證申請書所附表格詳實填寫各項紀錄與文件，並保留相關資材採購單據。
5.依本協會「有機農產品有機轉型期農產品驗證標章管理程序」之要求使用有機農產品驗證標章。
6.配合本協會之稽核或產品抽驗作業，必要時需將標章、證書繳回，產品回收與清點，農產品經營者不得以任何理由規避、妨礙或拒絕。
7.按時繳交驗證相關費用。稽核相關費用需於稽核案啟動前繳清，稽核小組才會前往執行驗證作業。
8.於「有機農產品有機轉型期農產品驗證合約書」期間屆滿或經本協會終止合約後，應立即停止使用有機農產品驗證標章，將產品下架，並不得以有機農產品名義販售。
9.被暫時終止、終止或結束標章使用權之農產品經營者，仍繼續使用標章，視為擅自使用，本協會將依商標法規定辦理。如因違反「有機農產品有機轉型期農產品驗證合約書」或相關法規或規定而損害本協會之權益時，農產品經營者同意負完全賠償責任。
10.農產品經營者保證除驗證通過之品項範圍外，其他非由本協會驗證之品項範圍不得使用或模仿本標章，且農產品經營者之商業廣告有引用本標章或標誌圖文時，應以經本協會認可已驗證品項範圍之廣告為限，不得以本標章或標誌作為非本協會驗證範圍之廣告宣傳、促銷、買賣以及其他相關企業之用，否則本協會得依法追究法律責任。
11.本協會對於驗證程序、規定或要求得隨時變更，因此而直接涉及申請者之部分，應給予十五天之預告期。申請者於收到「驗證規定預告變更通知書」後，對相關變更如有合理性的建議及要求，請於一星期內反應至本協會以便納入考量。未立即反應意見者，即視為同意該項變更。
12.已驗證通過之產品應持續符合農業部相關法規之規定。
13.農產品經營者不得以會損及本協會聲譽之方式使用其產品驗證，也不得就其產品驗證，做出本協會認為可能誤導或未獲授權之任何聲明。
14.農產品經營者若需將驗證證書副本提供給其他人時，文件應全部複製。
15.對於傳播媒體如文件、宣傳品或廣告中，引用產品驗證資料時，應遵守本協會及「有機農業促進法」及其相關子法 之規定;不正確引用或誤導方式使用驗證證書、驗證標章、本協會標誌等，將依本協會「有機農產品有機轉型期農產品驗證標章管理程序」、「有機農產品有機轉型期農產品驗證合約書」相關規範處置。
16.農產品經營者可要求本協會可取得並保有符合驗證要求有關之所有抱怨紀錄。
17.本協會辦理初次查驗、追蹤查驗、展延查驗、增列查驗或產品抽樣，於查驗時，受檢查場之負責人或業務相關人員應陪同檢查，並於本協會完成工作後作成之相關紀錄簽名或蓋章。
18.農產品經營者有可能影響符合驗證要求能力之變更時，應主動及時通知本協會。
19.如同時生產有機與非有機農產品，或向多家驗證機構同時申請驗證時，應有自主管理機制，及可提供各自生產數量、標章使用及販售情形之紀錄，並接受不同驗證機構聯合稽核。
20.辦理評估之一切必要安排，包括備妥檢查文件及各項紀錄(包括生產記錄簿、資材採購記錄與內部稽核報告)，詳實記載各項紀錄與在農業部公告期限內保存各項資料與單據，並應配合接受本公司依規定執行之定期與不定期查核作業(如抽樣、檢驗、稽核、定期或不定期追查等)。農產品經營者維持有機運作系統相關之紀錄及文件: (1)生鮮農產品一年。(2)產品標示有效日期者，自有效期間屆滿後一年。(3)其他產品五年。進口業者進口、販售有機農產品之相關紀錄、文件及有機驗證證明文件，應至少保存五年。