1.初次查驗(或追蹤查驗)通過後，申請人必須每年在驗證年度屆滿前三個月填寫驗證申請書，辦理年度更新及續約。未填寫申請書並辦理續約者，視同自動放棄本協會驗證，本協會將終止申請者驗證資格，並通知繳回驗證證書、驗證合約書、剩餘標章與公告註銷申請者標章使用權。對農產品經營者之追蹤查驗頻度。其頻度每年不得低於一次，必要時，得增加追蹤查驗次數。本協會辦理追蹤查驗，得不予通知或於辦理前二十四小時內通知農產品經營者，農產品經營者無正當理由，不得拒絕。其中農產品經營者之比率，須達驗證合格之農產品經營者總數百分之五以上。
2.驗證通過後之展延查驗，申請者必須在本協會核發驗證證書有效期間屆滿前三個月填寫驗證申請書或展延申請書，辦理展延查驗。未填寫或辦理展延者，視同自動放棄驗證，有效期間屆滿後，自動結束驗證資格。
3.本協會得依稽核小組稽核(初次驗證、追蹤查驗、展延查驗)之風險評估，如評估為中風險或高風險者，得列入「年度有機農產品有機轉型期農產品不定期抽檢計畫」，執行不定期市售或田間之抽檢，或列入5%不通知稽核名單。
4.申請者應先詳閱有機農產品相關規定與驗證基準，並同意有機生產規定及驗證基準要求。
5.本協會對於驗證程序、規定或要求得隨時變更，因此而直接涉及申請者之部分，應於合理期間內預告申請者。申請者於收到「驗證規定預告變更通知書」後，對相關變更如有合理性的建議及要求，請於一星期內反應至本協會行政組以便納入考量。未立即反應意見者，即視為同意該項變更。在變更要求決定並公布後，除新申請者或其他特殊情況外，本協會將在年度追蹤查驗或展延查驗時查證每一農產品經營者，依照變更要求進行調整的完成度。
6.申請者於驗證過程中，承諾願協調相關單位全力配合本協會執行各項驗證作業，並提供所需場地、人員及資源協助完成作業。同時也應擔保該場所具備充分的安全措施及符合相關法令的安全工作標準。若因申請者或其配合單位藉故阻撓或不予配合，而無法於期限內完成查驗工作，本協會將敘明理由後駁回申請。
7.申請者應將驗證可能引起的利害衝突、潛在影響、可能造成的安全隱憂與必要的安全措施告知本協會，如因陳述不實或者疏漏造成損害，應負賠償責任。
8.申請者應據實提出驗證所需相關文件，並配合本協會之要求提供相關資訊，如經發現申請者所提供之資訊不實或不足，本協會得不予驗證通過；已取得驗證者，本協會得暫時終止其驗證資格；其違反情節重大者，並得終止其驗證資格。
9.申請者提交申請資料後若有下述相關的變動，應向本協會提出異動申請，本協會將依變動情形決定後續的處理作業:

a.資材及物質使用。
b. 套印標章之容器及包裝。
c. 委外代更生產者。
d. 驗證場域周邊設施、環境及農產品生產情形。
e. 供應商(加工、分裝及流通適用)。
f. 地籍資料、名稱或地址之異動。
g. 申請者、管理階層之異動。
h. 足以影響申請單位運作的重大變動。

10.申請者對本協會對其所欲之驗證地位的不利決定有意見時，得向本協會提出申訴。
11.申請驗證單位、已驗證單位、利害相關團體或任意第三人，對本協會或對已驗證單位的相關行為有意見時，得向本協會提出抱怨。
12.申請者應保存驗證產品的客訴記錄及後續改善措施的相關紀錄。
13.申請者應依本協會規定之方式與期限繳納費用，如經通知仍不繳交
者，駁回申請者之申請案或撤銷已核發之證書。
14.申請者應於收到繳款通知單後，在指定時間內支付。如有遲延，應依月利率百分之一計息，不足一個月者依比例計息。
15.駁回申請：除自行撤回申請案者外，申請者有下列情形時，本協會應敘明理由後駁回申請。
a.申請驗證農產品之生產、加工、分裝或流通過程未符合驗證基準，且情節重大。
b.申請驗證之農產品，其有機、有機轉型期原料含量低於百分之九十五。
c.經本協會通知後，無正當理由於限定期限內延誤補件、矯正缺失或繳費者。
d.書面審查通過後，因可歸責申請者之事由，致六個月內無法進行實地查驗者。
e.現場稽核結束後，申請者無法於期限內改善完成相關不符合事項者。
f.自申請案受理之次日起，因可歸責申請人之事由逾一年未結案者。
g.經通知補正或限期改善，無正當理由屆期未補正或改善。
h.產品檢驗結果含有禁用物質。
i.提供不實文件或資訊，且情節重大。
j.違反有機農業促進法暨相關子法經驗證機構終止驗證資格未滿一年。
16.申請者遞交申請書前，須詳閱後自行影印乙份存檔，作為日後有機管理參考文件，資料變更時亦同。
17.基於驗證要求，申請者得授權本協會逕行與相關地方權責單位申請或取得與申請案有關之證明文件。